Balyoz avukatlarından Haluk Pekşen, geçen hafta Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın Başdanışmanı Akdoğan'ın "milli orduya kumpas kuruldu" sözleri nedeniyle, Balyoz sanıkları adına Genelkurmay Başkanlığı'na dilekçe vermiş ve bu konuda suç duyurusunda bulunulmasını istemişti. 

Genelkurmay'ın Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na yaptığı suç duyurusunda, Balyoz ve Ergenekon gibi TSK'nın muvazzaf ve emekli personelinin yargılandığı davalarda "TSK'yı hedef alacak şekilde suç delilleri üretildiği, davalarda görev yapan adli kolluk, savcı ve hakimlerin yargılamada savunmanın görüşlerini dikkate almadığı, suç delillerini manipüle ettiği" gibi suçlamalar yer alıyor.